全文小结：
...用什么加密方法来保护dex源码文件不被注入恶意代码杜绝二次打包的...
混淆java代码。增加无用代码，或者重命名，使反编译后的源代码难于看懂。关键代码使用jni调用本地代码，用c或c++编写，相对于class文件，so相对比较难于反编译。 需要开发者熟悉如何写c或c++代码。
这类的加密工具防护作用都不是很大。如果要特别保护dex的话，我推荐 爱加密 第三方加密平台。免费通用版包括 对DEX源文件进行加壳保护，隐藏源代码。对资源文件，主配置文件进行指纹校验保护，防止修改后二次打包。
其中DEX加壳保护是“爱加密”最为完善，该技术通过将DEX文件隐藏，并生成一个类似于虚像的壳文件，阻止黑客利用反编译工具获取Ap|ustoken最新消息钱包p源码。另外，爱加密在还推出了so库保护，使得C/C++层面的代码安全也得到防护。
android怎么动态调试dex
1、4 创建Android Virtual Device 动态调试可以用真实的手机来做调试环境，也可以用虚拟机来做调试环境，本文采用虚拟机环境。
2、集成调试工具：首先需要集成一款调试工具，常用的调试工具有Xcode、AndroidStudio等。这些工具提供了丰富的调试功能，如断点调试、变量监测、内存监测等。选择调试模式：在集成调试工具后，需要选择合适的调试模式。
3、首先设置手机：打开手机设置--开发者选项--勾上USB调试允许USB线调试，用USB线连接PC机与Android手机，手机会自动安装一些驱动到电脑。完成连接后电脑处出现USB连接图标，表示连接成功。
4、个Dex文件的。也就是说在编译期的时候，所有的Jar文件最终会被合并成一个Dex文件。我们没有办法在Apk文件里面打包两个Dex，让DexOpt分别对两个Dex文件做处理，而Android系统也不会同时为一个Apk加载两个Dex。
5、简单说就是优化后的android版.exe。每个apk安装包里都有。相对于PC上的java虚拟机能运行.class；android上的Davlik虚拟机能运行.dex。作用 让dalvik能够运行。dex好处 可以直接用DexClassLoader类加载，动态加载。
怎么加固安卓软件???
常见APK应用加固主要有DEX文件、SDK文件、SO文件加固这三类。
现在网上有很多Apk加固的第三方平台，最有名的应当属于：爱加密和梆梆加固了。
目前有很多第三方APP加固方法，如：百度、360、腾讯、爱加密等。。
防内存窃取：防止通过gdb、gcore，从内存中截取dex文件，获取代码片段，从而反编译APK。防逆向分析：防止通过APKTool、IDA Pro等反编译工具破解DEX文件，从而获取APK源代码。
可以的，官网上面目前有反主流静态工具、SO加固、dex加壳、java指令翻译、java虚拟函数等，聚安全的应用加固强度高、操作性能无影响，还能灵活化定制。目前，阿里聚安全加固能支持Android 3~0的系统版本。
app发布前，最好做一下扫描和加固，应用扫描可以通过静态代码分析、动态数据跟踪，定位出风险代码（目前好多都是只告诉APK包里面有风险），同时监控敏感数据的异常行为。